Tháng 4 năm 2012, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án "tham ô tài sản" xảy ra tại Công ty tài chính TNHH một thành viên Công nghiệp tàu thủy Việt Nam (thuộc Vinashin) và công ty vận tải Biển Đông (thuộc Vinalines). Bốn người bị bắt tạm giam, trong đó có cựu phó tổng giám đốc Vinalines Bùi Quốc Anh.

Phó Tổng Giám đốc đương nhiệm Trần Hữu Chiều đã bị bắt vào giữa tháng 5.

Ngày 18 tháng 5, liên quan đến những sai phạm trong việc điều hành Vinalines, hai nhân vật lãnh đạo Dương Chí Dũng (Cục trưởng Hàng hải, cựu Chủ tịch hội đồng quản trị Vinalines) và Mai Văn Phúc (Vụ phó Vụ Vận tải, cựu tổng giám đốc Vinalines) chính thức bị khởi tố và tạm giam 4 tháng để điều tra trách nhiệm hính sự về hành vi cố ý làm trái quy định nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng. Những sai phạm bị đưa ra xem xét xử lý bao gồm dự án đầu tư mua ụ nổi No83M.

Kết luận thanh tra về tình hình hoạt động của Vinalines đã chỉ ra hàng loạt sai phạm nghiêm trọng như mua tàu cũ, đầu tư kinh doanh không hiệu quả,… Thanh tra Chính phủ cho biết trách nhiệm dẫn tới các hạn chế và sai phạm trong đầu tư, kinh doanh thuộc về tập thể lãnh đạo Tổng Cty mà đứng đầu là Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng giám đốc và các trưởng ban qua các thời kỳ thuộc giai đoạn 2005-2010.

Kết luận nói Vinalines cũng đã sử dụng nguồn vốn huy động từ trái phiếu sai mục đích, quản lý nguồn vốn, quản lý nợ phải thu chưa tốt, có khoản nợ với số tiền 23.062 tỷ đồng (trên 1 tỷ đôla) kéo dài nhiều năm chưa thu được và có nguy cơ không thu được.

Giới quan sát đang đặt câu hỏi về thời điểm đưa ra quyết định khởi tố bị can và bắt giam các nhân vật cao cấp trong Bộ giao thông vận tải, được thực hiện ngay sau Hội nghị Trung ương lần thứ năm của Đảng Cộng sản Việt Nam.[10]

Vụ Vinalines mua ụ nổi 83M

Cơ quan CSĐT - Bộ Công an khởi tố vào đầu tháng 2.2012 7 bị can, trong đó có nhiều cán bộ chủ chốt của Vinalines: Dương Chí Dũng, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị; Mai Văn Phúc, nguyên Tổng giám đốc và ông Trần Hữu Chiều, nguyên Phó tổng giám đốc...
năm 2007, mặc dù chưa được Chính phủ phê duyệt, nhưng lãnh đạo Vinalines đã quyết định đầu tư xây dựng nhà máy sửa chữa, đóng tàu với tổng mức đầu tư 6.489 tỷ đồng; trong đó có ụ nổi 83M (thành phần không tách rời của dự án) với tổng mức đầu tư 14,136 triệu USD. Tuy nhiên, khi đưa về Việt Nam thì chi phí thiết bị này bị đội lên thành 24,3 triệu USD. Trong quá trình điều tra, cơ quan công an xác định ụ nổi 83M sản xuất năm 1965, đã bị hư hỏng nặng, không còn hoạt động, bị Cơ quan Đăng kiểm Nga dừng cấp phép kiểm định, quá thời hạn theo quy định là 22 năm, không đủ điều kiện nhập khẩu về VN.Trước đó, trong quá trình khảo sát để mua ụ nổi, Vinalines đã có văn bản đề nghị và được Cục Đăng kiểm VN cử Lê Văn Dương, đăng kiểm viên tham gia cùng cán bộ của Vinalines gồm Trần Hữu Chiều, Trần Hải Sơn, Mai Văn Khang... sang Liên bang Nga để giám định tình trạng kỹ thuật và hồ sơ pháp lý của ụ nổi 83M.[11]. Tại đây, những người này biết ụ nổi đã "quá đát", không sử dụng được. Chủ sở hữu ụ nổi là Công ty Nakhodka, Liên bang Nga chào bán ụ với giá dưới 5 triệu USD. Khi về nước, Chiều, Sơn và Khang đã báo cáo Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc về tình trạng kỹ thuật của ụ nổi 83M đã khảo sát, nhưng Dũng và Phúc chỉ đạo phải lập báo cáo kết quả khảo sát đủ điều kiện mua được ụ nổi 83M và thông qua công ty môi giới với giá thành cao hơn chứ không mua trực tiếp của Công ty Nakhodka.Tháng 6.2008, ụ nổi 83M được đưa về VN và làm thủ tục nhập khẩu qua Chi cục Hải quan Tân Phong, Khánh Hòa. Quá trình kiểm tra thực tế, Lê Ngọc Triện biết hồ sơ không đầy đủ, ụ nổi đã cũ, hoen gỉ, hư hỏng nhiều, máy phát điện không hoạt động, không đủ điều kiện nhập khẩu nhưng vẫn đề nghị cho nhập khẩu thông quan. Khi kiểm tra hồ sơ, đối chiếu các quy định của nhà nước, Huỳnh Hữu Đức, Phó chi cục trưởng biết rõ ụ nổi không đủ điều kiện nhập khẩu nhưng vẫn cho làm thủ tục nhập khẩu.Về thủ tục thanh toán dù có nhiều điểm mâu thuẫn, nhưng Bùi Thị Bích Loan vẫn chấp thuận để Vinalines thanh toán tiền mua ụ nổi trái luật cho Công ty AP - Singapore (công ty môi giới), gây thiệt hại tài sản nhà nước. Mai Văn Khang, thành viên Ban Quản lý dự án đã có hành vi thực hiện ý kiến chỉ đạo của Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc cùng các bị can Trần Hữu Chiều, Trần Hải Sơn lập báo cáo kết quả khảo sát phản ánh sai trạng thái kỹ thuật ụ nổi 83M để Vinalines mua ụ nổi.Ngoài ra, cơ quan điều tra còn xác định, trong quá trình sửa chữa ụ nổi, Trần Hải Sơn đã yêu cầu nhà thầu nâng giá vật liệu sửa chữa và đưa lại cho Sơn cùng một số cán bộ trong công ty hơn 2,5 tỷ đồng, riêng Sơn được gần 1 tỷ đồng.
Được mua về để phục vụ công việc sửa chữa tàu biển cho đội tàu của Vinalines nhưng đã gần bốn năm nay, ụ nổi này chưa sửa chữa được cho bất kỳ một con tàu nào mà vẫn đang trong quá trình... sửa chữa[12].